Pero no solo era su esposa, fue también gobernante del Cusco en algunos momentos. Durante las ausencias de Pachacútec, ocupado en la conquista de nuevos territorios, Mama Anaguarque se quedaba a cargo del Cusco en reemplazo del inca.
Conforme se iban removiendo las capas de tierra, se fue descubriendo uno de los misterios que estuvo escondido por muchos años: las paredes del que habría sido uno de los templos ceremoniales incas más importantes del sur del Cusco, dedicado al culto del agua y del sol.
Este descubrimiento, según los arqueólogos y arquitectos que tienen a su cargo los trabajos de excavación, es de particular importancia porque estaría a punto de cambiar una parte de la historia de esta casona colonial de propiedad de la comunidad campesina de Pumamarca y del distrito de San Sebastián.
Y es que los historiadores aseguraban que esta casona fue el palacio de la coya Mama Anaguarque, la esposa principal del inca Pachacútec, a quien, además, se dice que le correspondían varias propiedades de este distrito ubicado al sur del Cusco.